Gemeinsam mit Rupert von Salzburg und Korbinian von Freising zählt Emmeram zu den großen Missions- und Wanderbischöfen des 7. und frühen 8. Jahrhunderts im frühmittelalterlichen Bayern. Schon im frühen 7. Jahrhundert kam es zur Christianisierung Bayerns, die drei Bischöfe haben diese Christianisierung vertieft und sie fand ihren Abschluss mit der Bistumsorganisation durch Bonifatius im Jahr 739.

Emmeram, der zuvor Bischof von Poitiers in Südfrankreich gewesen ist, war eigentlich auf Missionsreise zu den noch heidnischen Awaren im Osten. Bei einem Aufenthalt am bayerischen Herzogshof in Regensburg konnte er jedoch von Herzog Theodo von der Weiterreise abgehalten werden und er widmete sich nun der Stärkung des Christentums in Regensburg und im weiteren Umland. 

Etwa drei Jahre nach seiner Ankunft in Regensburg vertraute sich Uta, die Tochter Herzog Theodos, Emmeram an. Sie hatte eine heimliche Liebesbeziehung mit dem Sohn eines herzoglichen Richters und erwartete von diesem ein Kind. Nun fürchteten beide den Zorn des Herzogs. 

Emmeram war bereit, sich selbst als Vater des ungeborenen Kindes auszugeben, um die Liebenden vor der Strafe des Herzogs zu schützen. Er selbst wollte eine Pilgerreise nach Rom antreten. Bereits kurz nach seiner Abreise eröffnete Uta ihrem Vater die mit Emmeram vereinbarte Geschichte. 

Daraufhin setzte der Herzogssohn Lantpert dem in seinen Augen flüchtenden Emmeram nach, um die Ehre seiner Schwester zu retten. Beim heutigen Kleinhelfendorf südöstlich von München stellte er den Bischof, ließ ihn auf eine Leiter binden und martern. Emmeram erlag seinen Verletzungen und wurde zunächst in Aschheim bestattet. 

Hinter dem Mord versteckt sich wohl auch ein politisches Motiv. Der aus Frankreich stammende Emmeram könnte einer antifränkischen Hofpartei um den bayrischen Herzogssohn Lantpert zum Opfer gefallen sein. Es mag ihnen ein willkommener Anlass gewesen sein, ihrem Haß dem Bischof gegenüber freien Lauf zu lassen, dass Emmeram die Schuld an der Schwangerschaft Utas auf sich nahm. 

Herzog Theodo, der inzwischen die Wahrheit erfahren hatte, ließ den Leichnam nach Regensburg überführen und im Kloster St. Georg, dem späteren Kloster St. Emmeram, zur letzten Ruhe betten. Die freiwillige Übernahme fremder Schuld durch Emmeram als zentrale Aussage der Vita stellt den Heiligen als Blutzeugen seines Glaubens in unmittelbare Nachfolge Christi. 

Gebet
Allmächtiger und barmherziger Gott,
wie unser Herr Jesus Christus
hat der heilige Bischof Emmeram
fremde Schuld auf sich genommen
und mit deiner Hilfe hat er die Qualen
des Martyriums ausgehalten.
Wir bitten dich:
Lass auch uns unseren Mitmenschen
nicht gleichgültig gegenüberstehen
und hilf uns gegen alle Angriffe
mit deinem mächtigen Schutz.
Durch unseren Herrn Jesus Christus,
deinen Sohn.